クリニック事務長の年収相場2026｜人件費に見合う給与と任せ方が決まる

「事務長を置きたいが、いくら払えば妥当なのか分からない」「今の事務長の給与が見合っているのか判断できない」。そう迷う院長のための記事です。

事務長の年収を調べると、病院の数字や働く側向けの話が混ざり、出典や時点の分からない相場もあります。

公的統計では、一般診療所の事務職員の平均年額（給料＋賞与）は約334万円です（第25回医療経済実態調査・令和7年実施）。

医療・福祉の役職者の年収を、当社が令和7年賃金構造基本統計調査から試算しました（月額×12＋賞与）。部長級で約949万円、課長級で約671万円です。

この記事では一つの金額を示すのではなく、自院の給与の決め方と、雇う・任せるの比べ方を示します。

給与を決める5つの手順と、社会保険料の会社負担や採用費を含む雇用の総コストを整理します。読んだ後は、任せたい業務から給与の目安を決め、常勤・非常勤・院内分担・事務長代行を同じ物差しで比べられます。

事務長はいるが任せきれていない院長や、開業準備中の先生にも役立ちます。院長の判断材料に絞って書きます。

クリニック事務長の役割と、年収を考える前に決めておきたい任せる範囲

無床クリニックの事務長は、人・お金・届出・集患などの管理業務をまとめて受け持ち、院長が診療に使う時間を取り戻すための立場です。年収は肩書では決まりません。どの業務をどこまで任せるかで変わります。

①無床クリニックで事務長が担う主な業務

無床クリニックは部署が分かれていないため、事務長一人が複数の業務をまたいで受け持ちます。病院の事務長を前提にした説明とは、受け持つ範囲の広さが違います。

• 採用・人事：求人の準備、面接の段取り、シフトや勤怠の管理
• 総務：就業規則・雇用契約の管理、税理士など外部の専門家との窓口
• お金まわり：レセプトの点検、返戻・査定への対応、資金繰りの取りまとめ
• 届出・制度：保健所や地方厚生局への届出、施設基準・加算の確認
• 集患・広報：ホームページ、口コミ、SNSの運用

これらを一人ですべてこなせる事務長ばかりではないため、どの業務を誰に任せるかは院長が決めます。

業務ごとの詳しい中身はクリニックの事務長の役割と仕事内容は？代行サービスと比較をご覧ください。事務部門全体の考え方はクリニックのバックオフィスとは？役割・業務内容・求められるスキルを徹底解説で解説しています。

②年収は任せる業務の範囲と裁量で変わる

採用の前に「何をしてほしいか」を言葉にしておくと、人選も給与も判断しやすくなります。

給与は肩書ではなく、任せる業務の範囲と裁量に合わせて考えるのが基本です。ここでいう裁量とは、事務長が自分で決めてよい範囲のことです。同じクリニック事務長でも、事務スタッフの取りまとめ役なのか、経営の相談相手なのかで責任の重さが違います。

任せ方	主な中身	給与の考え方
事務の取りまとめ役	受付・医療事務の監督、勤怠やシフトの管理	事務スタッフのリーダー職に近い水準から考える
院内管理を任せる	採用・人事、レセプト、届出、外部の専門家との窓口	院内のほかの役職者より上に置いて考える
経営の一部まで任せる	人件費や予算の管理、集患の企画、経営判断の相談	数字への責任を含め、評価と結びつけて考える

院長が決めるのは、どの業務を任せ、どこから先を院長の判断に残すかです。採用の最終決定や大きな支出を院長に残すなら、その分だけ裁量は小さくなり、給与の考え方も変わります。

すでに事務長がいる院長は、いまの給与で想定していた範囲と、実際に担ってもらっている範囲を並べてみてください。ずれがあれば、そこが見直しの手がかりになります。

任せる範囲が決まれば、公的統計のどの水準を参考にするかも選びやすくなります。

クリニック事務長の年収相場を公的統計と現場の目安で確かめる

クリニック事務長の年収は、公的統計の近い区分で幅をつかみ、自院が任せる範囲で位置を決めます。下は一般診療所の事務職員の平均（年約334万円）、上は医療・福祉の役職者（規模により約550万〜949万円・当社試算）が物差しです。

少人数の院は、10～99人規模の役職者の値に寄せて読みます。

①公的統計で見る、医療・福祉の役職者と診療所の事務職員の年収

この記事で使う2つの統計表には、「事務長」という区分がありません。そこで、事務長に近い区分の値を参考にします。

厚生労働省の令和7年賃金構造基本統計調査 役職第1表（医療，福祉）によると、企業規模10人以上の部長級は月額（きまって支給する現金給与額）66.69万円、年間賞与等148.56万円です。課長級は月額45.67万円、年間賞与等122.96万円です。

区分（医療，福祉）	月額	年間賞与等	年額の試算
部長級（10人以上）	66.69万円	148.56万円	約949万円
課長級（10人以上）	45.67万円	122.96万円	約671万円
部長級（10～99人）	49.25万円	109.23万円	約700万円
課長級（10～99人）	37.70万円	97.49万円	約550万円

年額は「月額×12＋年間賞与等」で当社が試算した値です。病院や介護を含む医療，福祉全体の役職者の値で、事務の役職に限りません。

診療所に絞った値は、第25回医療経済実態調査（医療機関等調査）報告に載っています。一般診療所の事務職員1人あたりの平均年額（給料＋賞与）は、全体で約334万円、医療法人で約339万円、入院診療の収益が無い診療所で約331万円です。

いずれも、令和7年3月末までに終わった直近の事業年度の数値です。事務職員全体の平均で、事務長そのものの値ではありません。事務職員の水準と役職者の水準を両端に置き、任せる範囲で位置を考えます。

②病院事務長の年収相場は、クリニックとは分けて読む

病院事務長の年収相場は、無床クリニックの目安としてそのまま使えません。病院の事務長は事務部門の職員を束ねる管理職で、組織の大きさが違うためです。

上の部長級・課長級の値にも、病院が含まれます。病院の事務長の年収が混ざった数字は、規模をそろえてから自院と比べます。求人の年収も、掲載の時点・勤務日数・求める経験をそろえてから比べます。

③支援の現場で見る事務長の違いと、医療機関事務長の年収・時給相場の読み方

事務長という仕事を否定する話ではありません。当社が支援の現場でよく見るのは、同じ「事務長経験あり」でも、スキルや診療科の知識が人によって大きく違うことです。労務でも、社労士と連携するところまでなのか、手続きまで担えるのかは、本当にまちまちです。

経験の肩書だけで採用して、お局化したり、院長が求めるスキルと合わなかったりした例を、当社は何百件と見てきました。開業後と安定期でも、求められるスキルは変わります。

一般に、医療機関事務長の年収を参考にするときは、金額だけでなく業務内容と求める経験まで並べ、自院が任せたい仕事に近いかを照らします。

医療機関事務長の時給相場は、「時給×週の勤務時間×52週」で年額に直してから比べます。賞与の有無も確かめます。週の勤務時間が書かれていない求人は年額に直せないため、比べる材料から外します。

自院の事務長の給与を決める5つの手順

自院の事務長の給与は、公的統計の相場を物差しの一つにして、次の5つの手順で決めます。どの手順も院長が決める部分です。

手順	院長が決めること
1. 範囲と裁量	任せる業務と、段取りまでか判断までか
2. 規模	スタッフの数や扱う数字に照らす
3. 釣り合い	ほかのスタッフとの差を説明できるか
4. 損益	売上が落ちた月も払い続けられるか
5. 評価と見直し	何ができたら、いつ見直すか

①任せる業務の範囲と裁量を書き出す

まず、事務長に任せたい業務を書き出します。業務ごとに、「段取りまで」任せるのか、「判断まで」任せるのかも決めます。

書き出した中身は、そのまま求人票と面接で確かめる項目になります。

②自院の規模に照らす

次に、①で決めた範囲を自院の規模に照らします。見るのは次の3点です。

• 管理するスタッフの人数
• 扱う月次の数字の範囲
• 事務長の判断に任せる支出の上限

統計を物差しにするときは、10～99人規模の課長級（年約550万円）から部長級（年約700万円）のように、自院に近い規模の値を使います。

3点の大きさに応じて、この幅のどこに置くかを決めると、給与の目安を絞り込めます。

③ほかのスタッフとの釣り合いを確かめる

看護師や受付のリーダーの給与と並べます。一般診療所の事務職員の平均（年約334万円）が下の目安になります。

事務長との差を、任せる範囲と責任でスタッフに説明できるかで、院内の納得が変わります。説明できないときは、範囲か給与のどちらかを見直します。

④損益から払える額を確かめる

顧問の税理士と月次の数字を見ます。事務長の給与を足した人件費を、売上が落ちた月も払い続けられるかを確かめます。

給与は毎月の固定費になるため、払える上限を先に決めておきます。人件費の見方は、【2026年最新】クリニックの人件費率の目安は？計算方法と見直しのポイントを解説で整理しています。

⑤評価のしかたと見直しの時期を雇う前に決めておく

何ができたら給与を見直すのかを、雇う前に言葉にしておきます。評価の基準を決めずに雇うと、昇給の根拠を後から説明しにくくなります。

任せた業務ごとに見る点を決めておくと、評価で迷いません。

• 採用・人事：欠員を埋めるまでの段取りを回せたか
• 届出・制度：届出や更新の期限を管理できたか
• お金まわり：返戻・査定への対応を進められたか

見直しの時期は、年に1回などと決めて本人と共有します。評価の仕組みは、クリニックの人事制度設計ガイド！導入・運用のコツも参考になります。

「何をどこまで任せるか」を書き出そうとしても、診療の合間に一人で院内の業務を棚卸しするのは簡単ではありません。レンタル事務長さんでは、事務長に任せる業務と外部に出す業務の切り分けを、院長と一緒に整理しています。求人票を書く前の段階から、お気軽にご相談ください。

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雇用の総コストと事務長代行の費用を同じ物差しで比べる

常勤で雇うか事務長代行に任せるかは、給与と月額料金を並べるだけでは決まりません。給与に社会保険料の会社負担や採用費を足した年間の総コストを、代行の年間費用と同じ1年の単位で比べます。そのうえで、任せたい範囲を満たせるかで選びます。

①給与に社会保険料の会社負担と採用費を積んだ年間の総コスト

常勤のクリニック事務長にかかる費用は、給与だけではありません。年間で見るときは、次の項目を足していきます。

項目	中身	積むときの注意
給与・賞与	月給×12か月と賞与	院が決めた額を入れる
社会保険料の会社負担	院が負担する保険料	加入先と、その年度の料率で出す
採用費	求人広告や紹介の費用	採用までの期間も見込む
引き継ぎの時間	院長が仕事を教える時間	診療後の時間も費用として数える

協会けんぽの令和8年度の協会けんぽの保険料率（全国健康保険協会）では、東京都の健康保険料率は9.85％です。40〜64歳の方は、健康保険料率と子ども・子育て支援金（0.23％）に、介護保険料率（1.62％）が加わります。

厚生年金の保険料率は、厚生年金保険料額表（日本年金機構）のとおり18.3％で固定されています。

料率は加入先と年度で変わるため、この記事では院が負担する額を計算していません。会社と本人の負担の割合も含め、実際の額は加入先の保険料額表で確かめてください。そのうえで、顧問の税理士など専門家と一緒に積んでください。

総コストは給与に項目を足していくため、給与の額より大きくなります。退職して採用をやり直すときは、採用費と引き継ぎの時間がもう一度かかります。

②事務長代行の月額料金と、常勤の総コストとの比べ方

事務長代行は、事務長を雇わずに外部へ委託する形です。費用は契約で決めた料金が中心で、保険料や求人の費用を積み上げる形にはなりません。

比べるときは、月額料金×12か月を年間の費用とし、①の総コストと並べます。代行でも始めは院内の状況を伝える時間がかかるため、その分も数えます。

給与の額だけを月額料金と比べると、常勤の費用を実際より低く見積もります。

料金も、料金に含まれる範囲も、会社によって異なります。事務長代行の費用の目安は別の記事で、各社の比べ方は事務長代行の費用相場はいくら？クリニック向け8社を月額料金で比較【2026年版】にまとめています。

金額だけでなく、同じ費用で任せられる範囲と、院内に人がいる時間の違いを並べて見ます。

③常勤・非常勤・院内分担・事務長代行のどれが合うかの判断

院内に毎日いて対応する業務が少なければ、事務長は常勤でなくてもよいと考えられます。次の4つの形を、自院に当てはめて比べます。

形	合いやすい院	決めておく点
常勤	毎日の現場の調整や対応が多い	総コストと採用の手間
非常勤	決まった曜日の業務で回る	不在の日に誰が対応するか
院内分担	今のスタッフに余力がある	担当の偏りと給与への反映
事務長代行	採用・届出・集患などをまとめて任せたい	院内にいない時間の連絡方法

毎日の現場の対応が少なく、管理業務をまとめて任せたいなら、常勤でなくても回る形を選べます。

選ぶときは、次の順に確かめます。

• 任せたい業務を書き出す
• 院内で毎日起きる対応と、外からでも進められる業務に分ける
• それぞれの形の年間費用を①②の方法で出す

代行で任せられる仕事の中身は、クリニックの事務長代行とは？仕事内容・費用とメリット・デメリットを解説にまとめています。外部に任せる形として事務長代行を比べるときは、当社の事務長代行の料金も年間費用に直して並べてみてください。

事務長はいるが任せきれていないとき：院長がやること・外部に任せられること

事務長はいるのに回りきっていないときは、給与を上げる前に、手が回らない理由を見極めます。時間が足りないのか、経験の無い領域があるのかによって、打ち手が変わります。

院長がやるのは、この見極めと仕事の線引きです。実務は、事務長と外部で分け合えます。

①事務長の給与を上げて範囲を広げるか、手が回らない領域だけ外部で補うか

時間が足りないまま給与だけを上げても、手が回らない状態は変わりません。経験の無い領域を任せ足すと、事務長の負担が増えるだけになりかねません。

給与を上げて範囲を広げるのは、任せたい範囲を担える力と時間が、今の事務長にあるときに限ります。

事務長の状況	合いやすい打ち手
経験も時間もあり、任せている範囲が狭いだけ	範囲を広げ、評価と給与を見直す
日々の現場の対応で時間が埋まっている	期限のある管理業務だけを外部で補う
施設基準・WEB集患など経験の無い領域がある	その領域を外部で補い、事務長は院内の調整に集中する

②院長・事務長・外部に残す仕事の線引き（税理士など士業の業務との関係）

院長の手元には、方針と最終の決定を残します。クリニックの事務長は院内の調整と窓口を受け持ち、外部は期限で区切れる管理業務を受け持ちます。

• 院長：経営の方針、採用の最終判断、給与と評価の決定
• 事務長：スタッフとの日々の調整、院内の段取り、外部との窓口
• 外部：期限で区切れて、院外からでも進められる管理業務
• 顧問の税理士など専門家：記帳・決算・申告

外部に切り出しやすいのは、次のような業務です。どれも締め切りと成果物がはっきりしているため、事務長は院内にいながら進み具合を確かめられます。

• 施設基準・加算の要件の確認と、届出書類の作成補助
• 求人原稿の準備と、応募者対応の段取り
• レセプトの点検
• ホームページ・SNSの更新

記帳・決算・申告は顧問の税理士の業務で、当社の支援の範囲外です。労務の手続きも、社労士と顧問契約がある院ではその社労士が担います。外部の事務長は税理士（社労士がいる院では社労士も）と連携し、資料の整理など院内の準備を支えます。

事務長を院内の窓口として残し、外部が期限のある管理業務を受け持つと、院長への報告の流れが一本になります。

③外部に頼んだ後の進み方（何をどの頻度で誰が担うか）

外部に頼むときは、業務ごとに「誰が・どの頻度で・何を院長に報告するか」を決めてから始めます。決めずに始めると、事務長と外部で作業が重なったり、抜けが出たりしかねません。

院長が見るのは「決めること」だけにし、実務の進み具合は事務長と外部で回す形を目指します。代行の仕組みはクリニック専門事務長代行サービスとは？利用するメリットや特徴を徹底解説！で紹介しています。

今の事務長に不満があるわけではないのに、届出の期限の確認や求人の準備が後回しになっていないでしょうか。レンタル事務長さんでは、今の事務長と並んで、手が回らない領域だけをチームで受け持つ形をご相談いただけます。まずは今の任せ方をお聞かせください。

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クリニック事務長の年収に関するよくある質問

ここでは、給与と任せ方を決める前に院長が迷いやすい5つの点に、結論から短く答えます。

Q．クリニック事務長に資格は必要ですか？

法令上、事務長に必須の資格はありません。医療法（e-Gov法令検索）の第10条は、診療所を臨床研修等修了医師に管理させるよう定めています。一方で、事務長の資格についての定めはありません。

必要な知識は、任せる業務によって変わります。レセプトの点検なら診療報酬の知識が、採用なら求人や面接の段取りの経験が要ります。届出を任せるなら、施設基準の要件を読み解く力も要ります。

面接では、資格の名前よりも、その業務を実際にどこまで担ってきたかを具体的に聞きます。

Q．事務長に賞与は払うべきですか？

払うかどうかは、院ごとに決めてかまいません。払う場合は、賞与を院の業績と事務長の評価のどちらに連動させるかを先に決めます。

業績に連動させると、売上が落ちた年に人件費を抑えやすくなります。評価と結びつけると、増減の理由を事務長本人にもスタッフにも説明できます。

どちらの場合も、月給と賞与を合わせた年収で、ほかのスタッフとの釣り合いを確かめます。

Q．事務長は常勤でなくてもよいですか？

常勤でなくてもかまいません。院内で毎日起きる対応が少なければ、非常勤や事務長代行でも回せます。

形ごとの費用と、代行で任せられる範囲は、クリニックの事務長代行とは？仕事内容・費用とメリット・デメリットを解説で確かめられます。

Q．医療機関事務長の時給相場はどう考えればよいですか？

求人の時給は、そのまま自院に当てはめません。自院で想定する年収を年間の勤務時間で割った額を、時給の目安にします。

非常勤なら、任せる業務にかかる時間を先に見積もります。週に何時間をどの業務に使ってほしいかを書き出しておくと、時給と勤務時間の組み合わせを決めやすくなります。

Q．開業前から事務長を置くべきですか？

開業前から常勤で置くかどうかは、準備の業務量で決めます。任せたい範囲がまだ見えていないなら、準備の期間だけ外部の手を借り、開業後の業務量を見てから常勤を考える方法があります。

準備の期間には、届出・スタッフ採用・集患の立ち上げが重なります。院長が診療の準備と並行して一人で進めると、負担が大きくなります。

届出や採用の期限から逆算し、誰が段取りを持つかは開業日より前に決めておきます。

まとめ：クリニック事務長の年収は任せる範囲から決め、総コストで比べる

クリニック事務長の年収は、相場の数字を当てはめるのではなく、自院が任せたい範囲から決めます。相場は物差しとして使い、最後は任せる範囲と1年の総コストで判断します。

院長が次にやるのは、任せたい業務を書き出すことです。その一覧が、給与の目安を決める材料にも、事務長代行と比べる材料にもなります。

レンタル事務長さんは、専門チームのプロが、院に必要な業務を必要な分だけ担う事務長代行サービスです。採用・人事、総務、レセプト、施設基準・加算、WEB集患などの管理業務を受け持ちます。相談実績500院超・継続率96%です。

書き出した業務を一人の事務長に任せるか、外部と分けるかは、院内だけでは決めにくいものです。今の事務長の給与が見合っているか迷うときも同じです。まずは院長のお考えをうかがい、任せたい範囲の整理から一緒に進めます。

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参考文献

• 第25回医療経済実態調査（医療機関等調査）報告（令和7年実施）Ⅱ（23）職種別常勤職員1人平均給料年(度)額等「一般診療所 開設者別（集計２）」（中央社会保険医療協議会・令和7年11月・報告書 p.330〜331）
• 令和7年賃金構造基本統計調査 一般労働者 役職第１表「役職、年齢階級別きまって支給する現金給与額、所定内給与額及び年間賞与その他特別給与額」（Ｐ医療，福祉）（厚生労働省・e-Stat・2026年3月24日公開）
• 令和8年度の協会けんぽの保険料率は3月分（4月納付分）から改定されます（全国健康保険協会）
• 厚生年金保険料額表（日本年金機構）
• 医療法（昭和23年法律第205号）第十条（e-Gov 法令検索）

※本記事は2026年10月23日時点の情報をもとに作成しています。診療報酬・法令等は改定される場合がありますので、最新の情報は厚生労働省・地方厚生局等の公的機関または専門家へご確認ください。

監修：代表取締役 望月勇哉（ ISAYA MOCHIZUKI ）

慶應義塾大学卒業後、新卒で（株)サイバーエージェント入社。その後マーケティング支援会社で独立。

2019年より医療業界に転身し、保険診療クリニック、自費クリニックのマーケティング支援や立ち上げ/経営に携わる。

2022年に株式会社セルエージェントを創業し、医療機関の後方支援事業「レンタル事務長さん」を立ち上げ、運営管理業務の課題解決に取り組む。

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